L’abside e oggi arretrata rispetto all’antica. Nel 1884, infatti, Leone XIII volle un ampliamento del presbiterio. Secondo i discutibili criteri di intervento artistico del tempo, venne eseguito un rifacimento del mosaico duecentesco, mantenendone invariata l’iconografia, ma corrompendone irrimediabilmente la dimensione artistica. Il mosaico era stato commissionato da papa Niccolò IV (1288-1292), primo francescano ad essere eletto papa, a Jacopo Torriti che modificò a sua volta il mosaico del V secolo.
Il mosaico absidale rappresenta in alto il volto di Cristo - che la tradizione vuole sia miracolosamente apparso in San Giovanni - e sotto di lui la colomba dello Spirito. Probabilmente, in origine, sopra il volto di Cristo era rappresentata la mano del Padre a comporre La Trinità.
Tutta la Misericordia della Trinità si rivela nella croce gemmata sottostante che è come avvolta da luce che diviene acqua. Al centro della croce vi è un clipeo con il battesimo di Gesù: l’incarnazione annuncia che Gesù è il figlio prediletto di Dio, ma anche che nel Battesimo noi veniamo uniti a Lui per diventare anche noi figli.
Infatti alla base della Croce sta un monte paradisiaco da cui sgorga acqua che si suddivide in quattro fiumi, ricordo della fecondità promessa in Genesi e realizzata nella Gerusalemme Celeste (Gen 2,10-14 e Ap 22,1). A quell’acqua si abbeverano due cervi e un’infinità di creature che traggono vita dalla Trinità rivelatasi nella croce. Insomma è tutta la Chiesa, sacramento dell’umanità, che beve alla sorgente della vita.
La chiesa è rappresentata anche dalle mura gemmate della Gerusalemme Celeste protette dall’arcangelo Michele che è sotto la croce. Gli apostoli Pietro e Paolo sono sulle sue torri dorate, mentre al centro si vede l’araba fenice, simbolo medioevale di immortalità.
Alla sinistra della croce la Vergine intercede per papa Niccolò IV inginocchiato, al quale segue San Francesco, in dimensioni ridotte, accompagnato dai Santi Pietro e Paolo; alla destra il Battista, che completa la deesis, è seguito da sant’Antonio, anche lui in piccolo, e dai santi Giovanni e Andrea.
Più in basso sono gli altri nove apostoli e due piccole figure in abito francescano che ritraggono Jacopo Torriti, l’artista del mosaico, e Jacopo da Camerino che lo aiutò, evidentemente frati artisti.
