Nella basilica sono da ricordare, fra le tante opere d’arte, i monumenti e le cappelle, il sepolcro di Leone XIII, il papa della Rerum Novarum, che volle essere seppellito in basilica. La sua tomba si trova sopra il portone che conduce in sacrestia – il corpo del pontefice venne traslato di nascosto di notte in basilica, in un periodo di anti-clericalismo successivo all’Unità d’Italia.
L’organo che è in alto, nel transetto destro, è un antichissimo strumento costruito da Luca Blasi negli anni 1597-1599, quando ancora gli strumenti non erano stati “temperati”. Fra gli altri, lo suonò G.W. Haendel. Proprio a San Giovanni in Laterano nacque la nomenclatura delle sette note tuttora in uso (ut[poi do]-re-mi-fa-sol-la-si), a partire da un inno a San Giovanni Battista – Ut queant laxis – i cui versi iniziavano con tali sillabe.
La Cappella Corsini, la prima a sinistra, venne realizzata dal Galilei, che eresse poi la facciata, per la famiglia del papa Clemente XII ed è un gioiello del tardo barocco romano.
Il portale centrale di ingresso alla basilica è una delle tre porte bronzee di età romana che si sono conservate. Anticamente apparteneva al Senato romano e fu Borromini, in occasione del restauro dell’interno della basilica, a farla “aggiustare” per la nuova sistemazione, innalzandola di alcuni centimetri.