La Basilica si presenta oggi nella forma che le dette Papa Innocenzo X per il Giubileo del 1650. Egli volle che Francesco Borromini conservasse la struttura della primitiva basilica, unitamente alle nuove forme curvilinee che si vedono nella controfacciata, tanto amate dal barocco per raffigurare l’accoglienza della vita umana.
La navata centrale si presenta come l’interno della Gerusalemme Celeste descritta dall’Apocalisse con dodici porte protette dai dodici 12 apostoli. Infatti, nelle nicchie, sono raffigurate dodici porte e dinanzi a ognuna di esse vi è la statua di uno dei Dodici. Chi partecipa alla liturgia nella Basilica è idealmente nel numero dei salvati all’interno della Gerusalemme discesa dal cielo. Le colombe sopra i tabernacoli e nella volta d’ingresso, oltre a commemorare il papa Pamphilj, si ricollegano idealmente alla raffigurazione dello Spirito Santo.
Borromini conservò il pavimento medioevale, opera dei maestri consumati, come un prato marmoreo che conduce all’altare. Gli ovali, in cui egli aveva lasciato il muro a vista come reliquia della chiesa antica, vennero ricoperti nel Settecento da dipinti rappresentanti profeti.
I bassorilievi a stucco, che secondo le intenzioni del Borromini sarebbero dovuti essere provvisori, illustrano storie bibliche secondo la lettura tipologica della storia della salvezza, caratteristica della fede cristiana e fatta propria della liturgia e dalla catechesi: ogni episodio dell’Antico Testamento è visto come prefigurazione del Nuovo. Ad esempio, nella seconda coppia di stucchi a partire dall’altare, l’Arca di Noè è prefigurazione del Battesimo.
Dietro il terzo pilastro della navata destra è stato spostato un frammento di affresco medioevale, detto della Loggia delle Benedizioni, raffigurante Papa Bonifacio VIII nell’atto di prendere possesso della sede Lateranense o nell’atto di indire il primo Giubileo. È controversa l’attribuzione a Cavallini o a Giotto.
